HSV感染是一种全身性疾病，病毒经呼吸道，口腔，生殖器粘膜或破损皮肤进入人体，可潜于人体正常粘膜，血液，唾液以及局部感觉神经节和多数器官内，几乎所有的内脏和粘膜表皮内都可分离到HSV。
原发感染多为隐性，大多无临床症状或呈亚临床表现，仅有少数(约1-10%)可以出现临床症状，主要见于免疫功能低下婴幼儿或严重营养不良或有其它感染的儿童，成人罕见，原发感染消退后，病毒可持续潜居体内，正常人中约有半数以上为本病毒的携带者，可通过口，鼻分泌物而成为传染源，由于HSV在人体中不产生永久免疫力，故每当机体抗病能力减退时，如患某种发热性传染病，胃肠功能紊乱，月经，妊娠，病灶感染，过度疲劳，情绪环境改变时，体内潜伏的HSV即被激发而发病。
HSV-1主要引起口唇疱疹，咽炎，角膜结膜炎和散发性脑炎，而HSV-2感染主要引起生殖器疱疹，但在临床上也有相反情况。
HSV感染的潜伏期为1-45天，平均为6天，HSV-1感染主要发生于口角，唇缘，鼻孔等皮肤粘膜交界处，亦可见颜面或口唇，开始局部先有灼痒及轻度紧张感，偶有伴发神经痛，随即出现红斑，在红斑基础上发生簇集性小丘疹，迅速变为粟粒至绿豆大小的水疱，内容澄清，水疱破裂后出现糜烂面，数日后干燥结痂，自觉灼痒，偶有倦怠，不适和轻微发热等全身症状，愈合可遗留暂时性色素沉着，全病程1-2周左右。
HSV-2感染主要发生于生殖器部位，患部先有烧灼感，很快在红斑的基础上发生成群的小水疱，多见男性包皮，龟头，冠状沟，阴茎等处，偶见于尿道;女性常见于阴唇，阴蒂，阴道，宫颈等处，水疱可逐渐变成脓疱，约6天左右破溃而形成糜烂或浅的溃疡，自觉疼痛，病人可发生尿道炎，出现排尿困难，多数人有腹股沟淋巴结肿大疼痛，有的病人可出现发热，肌肉痛及脑膜炎症状，如发于女性宫颈者可形成溃疡坏死，阴道分泌物增多，可有下腹痛，应注意有无宫颈癌发生，孕期患生殖器疱疹时易致流产，早产或死胎，并易使新生儿感染，发生新生儿单纯疱疹，本病一般经过3周左右可以痊愈，但常有反复发作，一般原发疹后1-4个月内复发，症状较原发者轻，范围亦小，局限于生殖器部位，有时仅有1-2个疱疹，病程亦短，自发病至愈合8-12天，本病也可伴有生殖器以外部位的感染，如口唇，臂部及中枢神经系统等。