人禽流感的潜伏期通常在1周内，多为1~3d，任何年龄均可患病，无性别差异。常急性起病，早期症状类似普通流感。主要表现为发热，体温一般在39oC以上，持续1~7d，多数为2~4d。患者可有头痛、乏力、肌肉酸痛等全身中毒症状和流涕、鼻塞、咳嗽、咽痛等呼吸道症状，部分患者有食欲下降、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻、稀水样便等消化道症状，有的患者还可伴发结膜炎。婴儿的临床症状常不典型，可表现为高热惊撅、喉炎、气管支气管炎，甚至出现气道梗阻现象。新生儿常呈败血症样表现，如嗜睡、拒奶、呼吸暂停等。
重症人禽流感患者病情发展迅速，可出现肺炎、肺出血、胸腔积液、急性呼吸窘迫综合征(ARDS)、全血细胞减少、肾功能衰竭、败血症、休克、MODS及Reye综合征等多种并发症，甚至死亡。近半数患者可出现肺实变体征，肺部闻及湿性啰音。
人禽流感的预后与感染的病毒亚型有关，如感染H9N2、H7N7者，大多预后良好;而感染H5N1病毒者预后较差，病死率高达30%以上，如1997年香港人禽流感的病死率为33.3%(6/18)，2003~2004年越南人禽流感的病死率为69.6%(16/23)。此外，影响本病预后的危险因素与年龄、基础疾病、诊治是否及时、是否伴发严重并发症等有关。