肾盂肾炎是由各种致病微生物直接侵袭所引起的肾盂肾盏粘膜和肾小管，肾间质感染性炎症，近年来发现，在一些肾盂肾炎患者的肾疤痕组织中存在病菌抗原，表明在肾盂肾炎的发病机理中，免疫性肾组织损害也可以是炎症的原因之一。
全身性因素(10%)：
如糖尿病、高血压、长期低血钾、心力衰竭及许多慢性消耗性疾病易并发肾孟肾炎。有学者认为，除上行性感染外，肾孟肾炎还可经血液和淋巴道及附近脏器直接感染，与免疫也有一定关系。
雌激素分泌(20%)：
妊娠妇女雌激素分泌增多，输尿管张力降低，蠕动减弱，导致尿路不畅，尿液反流的发生率较高，故妊娠期的尿路感染，多数为肾益肾炎。肾益肾炎多由膀胱炎上行感染所致，尤其膀脱-输尿管返流，是上行感染的重要原因。
膀胱炎(20%)：
如未能及时或充分的治疗，约有30～50%可上行引起肾盂肾炎。
尿路梗阻(15%)：
如尿路结石、肿瘤、狭窄、前列腺肥大及神经源性膀胱等，致使尿流不畅，局部抗菌能力降低，有利于感染及压力增高，是肾孟肾炎的重要诱因。尿路梗阻者约60%并发肾孟肾炎。
肾实质病变(15%)：
如肾小球肾炎、肾囊肿、肾肿瘤及慢性肾小管间质性疾病。可使肾脏局部抗菌能力减退，易并发肾益肾炎。
由于女性尿道短，细菌容易侵入，感染机会多，故女性发病率比男性高8～10倍。女性尿道口有大肠杆菌存在，性交往往是引起感染的重要原因。