西医疗法
肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的。
休息与营养
休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。
抗结核药物
抗结核药物是本病治疗的关键。药物的选择、用法、疗程同肺结核。应严格遵守“早期、规则、联合、适量、全程”的治疗原则。强化期：异烟肼(H)300毫克每日一次、利福平(R)600毫克每日一次、吡嗪。
中医疗法
1.辨证治疗
(1)湿热内蕴
治法：清化湿热。
方药：葛根芩连汤加味。方中黄芩、黄连苦寒清热燥湿;葛根解肌清热、升清止泻。可加银花助其清热之力，茯苓、木通、车前子增强利湿之效，使湿热分消，则泄泻自止。若湿偏重，证见胸腹满闷，口不渴，或渴不欲饮，可加苍术、佩兰、厚朴燥湿宽中。
(2)肝气乘脾
治法：抑肝扶脾。
方药：痛泻要方为主方。方中白术健脾补虚，白芍养血柔肝，陈皮理气醒脾，防风升清止泻。
(3)脾胃虚弱
治法：健脾益气。
方药：参苓白术散为主方。本方用四君子汤以补气健脾为主，加入和胃理气渗湿之品，标本兼顾。若脾阳虚衰，阴寒内盛，腹中冷痛，手足不温，宜用附子理中丸加吴萸、肉桂以温中散寒。若久泻不止，中气下陷，而致脱肛者，可用补中益气汤，益气升清，健脾止泻。
2.简易方治疗
银花90g，当归60g，地榆30g，麦冬30g，生甘草10g，苡米15g，黄芩10g。水煎服，每日2次。
中药
(1)加味香连丸6g。每日2次。用于湿热泄泻。
(2)参苓白术丸6g，每日2次，用于脾虚泄泻。
(3)补中益气丸6g，每日2次，用于中气下陷者。
针灸
1.针灸以补益脾胃与温补肾阳为主。取脾俞、章门、中脘、天枢、足三里、命门、关元等穴。针用补法，可灸。
2.拔火罐选天枢、关元、足三里、上巨虚、下巨虚、大肠俞、小肠俞等穴。适用于慢性虚寒性泄泻。
3.耳针取大肠、小肠、肺、脾、下脚端等穴。可针刺，也可贴敷。