肝囊肿是较常见的肝良性疾病，有寄生虫性和非寄生虫性，非寄生虫性肝囊肿分先天性、创作性、炎症性和肿瘤性囊肿：临床多见先天性肝囊肿，是由于胚胎时期肝内胆管或淋巴管发育异常造成的，分单发性和多发性。单发性肝囊肿多见20-50岁年龄组，女性多于男性，多发于肝右叶。多发肝囊肿多见40-60岁女性。
多无肝炎、肝硬化背景;AFP阴性，肝功能多正常。先天性肝囊肿生长缓慢，小肝囊肿常无症状，通常囊肿增大到一定程度后因压迫邻近脏器而出现食后腹胀、恶心、呕吐、右上腹隐痛不适，右上腹肿块、肝肿大，如合并感染则有发热、疼痛等炎症表现。
超声检查是诊断肝囊肿的首选方法;计算机X线体层摄影(CT)可明确囊肿的大小、部位、形态和数目。多发肝囊肿还就检查肾、肺、胰和其它脏器有无囊肿或先天畸形。
小的肝囊肿又无症状者,不需特殊处理，只要定期复查即可。大而又出现症状者，应给予适当治疗。有的肝囊肿治疗时也不必开刀，可以在超声波的引导下，囊肿穿刺抽液体术。有些囊肿需手术治疗。
对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。体检中偶尔发现的无症状的孤立性肝囊肿可以暂时采用保守治疗，利用超声检查定期观察，需要警惕恶变的的发生。大的肝囊肿有症状出现者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。然而，多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。可根据具体条件用以下手术方法：
1.肝切除术;
2.囊肿切除术;
3.囊肿开窗术或囊肿大部切除术;
4.囊肿内引流术;
5.囊肿穿刺抽液及硬化术。
多囊肝的手术
除非病变局限于肝的一叶，且伴有症状;或疑有恶变者，一般多不主张手术治疗。多囊肝当发现其中个别囊肿增大迅速，压迫邻近脏器，严重影响病人日常生活或心肺功能时，可以对较大的囊肿进行反复穿刺抽液。如果病人全身情况良好，肝功正常，也可作开窗术，以减轻压力，缓解症状，促使肝细胞再生。有条件者可进行肝移植，以彻底根治本病。
多囊肝合并多囊肾的治疗
多囊肝的治疗参照以上方案。多囊肾没有症状时，可观察并定期复查肾功能。若出现症状(如腰痛、血尿、高血压、肾功能衰竭等)，则需要手术治疗，包括穿刺或切开囊肿，降低囊肿压力，有时可以延缓病变的进展和肾功能衰竭，必要时进行透析疗法。根治的方法需要肾移植。
病变十分广泛的多发肝囊肿晚期病人，由于肝组织破坏严重，肝功能受损可出现腹水、黄疸和引起门静脉高压症。合并多囊肾者，最终影响肾功能，出现肾竭。