肾积水的手术治疗应早期进行。合理的应用整形手术，纠正肾盂输尿管连接部异常，争取肾功能的较大恢复。肾积水严重，肾功能破坏十分严重，而对侧肾正常者，可作积水肾切除术。
手术的原则是梗阻较轻，肾盂肾盏扩张不严重时，作单纯矫形手术;扩张明显者，应切除病变的狭窄段及过度扩张的肾盂，再作吻合术;更严重者作肾切除术。
双肾积水治疗上要更慎重，要尽一切可能保留肾脏。一般有几种情况：
1.一侧肾积水严重
一侧较轻：可先治疗严重的一侧。以免发生肾功能不全，手术成功后可为对侧手术时增加安全性。较轻侧要慎重判定手术适应证，必要时可严密观察。
2.两侧肾积水严重
可分期治疗，但仍以先处理较重侧为好。
3.两侧肾积水轻
要仔细分析，确定手术适应证。