1、小儿完全性肺静脉异位连接
病人症状取决于肺静脉有无梗阻，心房间通道大小和并存的其它心脏畸形。心房间通道小者出生后早期即出现肺动脉高压和右心衰竭，症状发展快病情严重。肺静脉无梗阻，房间通道大者肺动脉高压较迟出现，但紫绀明显，病情发展较缓。婴儿生长缓慢，呼吸急促，心跳加速和轻度紫绀，而被误诊为肺炎和呼吸窘迫综合征。体检可无特异性杂音，有时胸骨左缘第2肋间有收缩期吹风样喷射型杂音，肺动脉瓣区有第2音分裂并亢进。胸骨左下缘可能听到舒张期隆隆样杂音。心浊音界增大，心前区可有抬举性搏动，杵状指(趾)一般较轻。
2、共同动脉干
与完全性大动脉错位相似的是患者均有发绀，在胸骨左缘第2～3肋间可听到较强的主动脉第2心音。所不同者是共同动脉干的心脏杂音常是连续性的，其X线平片示纵隔影宽，心界扩大。心电图则示双室肥厚，而心导管检查可证实为只有单一的动脉干，即共同动脉干。
3、完全性肺静脉畸形引流
当肺静脉总干发生梗阻时，完全性肺静脉畸形引流患者的症状加重，发绀也明显，此时可能疑为完全性大动脉错位，但前者的X线平片显示典型的“8”字征;胸骨左缘收缩期杂音较轻，位置较高，且第2心音常分裂。行心导管检查及超声心动图检查，均可较明确地鉴别此二疾病。
4、法洛四联症
与完全性大动脉错位相似的是患者均有发绀;合并室间隔缺损的大动脉错位患者，其心脏杂音也相近似。但法洛四联症患儿出生后发绀发生常较晚，平时喜蹲踞，X线平片有靴形心的特征，肺血少，纵隔不宽。超声心动图检查可作进一步的鉴别诊断，而心导管及右心室造影更加有助于鉴别诊断。