大便困难患者需要在医生指导下进行常规检查排除器质性病变，如肛门指检、粪便隐血实验、肠镜等。
尤其是老年人、肥胖等患者在出现便血、贫血、消瘦、发热、黑便、腹痛等警报症状时，更应该引起高度警惕，因为这些症状往往是结直肠癌、痔疮、急性炎症、肠息肉、炎症性肠病等疾病的表现。
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当检查发现有肠道病变时，需根据病因治疗。如果未发现问题，应考虑功能性疾病，可至大便困难专病门诊就诊，征询专科医生的意见，医生会根据您的情况有选择地进行下列特殊检查。
结肠传输时间测定
是在早餐时随试验餐吞服20个不透X线的标志物，相隔一定时间后(如在服标志物后24小时、48小时、72小时)拍摄腹部X片。医生会根据腹部X片上标志物的分布判断大便困难的类型，它是大便困难分型的一种主要检查方法。
肛门直肠测压
可以检测肛门肌肉的压力及直肠的感知功能和直肠壁的顺应性等，可判断肛门压力和感觉功能是否异常，它也是大便困难分型的一种检测方法。
结肠压力监测
是在生理情况下连续24、48小时监测结肠压力变化。可测定结肠是否运动无力，对大便困难的治疗有指导意义。
气球排出试验
是肛门有无排出障碍的筛选试验。对检查发现是阳性的患者，需要作进一步检查。
其他还有排粪造影、盆底肌电图、阴部神经潜伏期测定、肛门超声内镜等检查，可以了解大便困难产生的原因。