便秘患者需要在医生指导下进行常规检查排除器质性病变，如肛门指检、粪便隐血实验、肠镜等。尤其是老年人、肥胖等患者在出现便血、贫血、消瘦、发热、黑便、腹痛等警报症状时，更应该引起高度警惕。
因为这些症状往往是结直肠癌、痔疮、急性炎症、肠息肉、炎症性 肠病等疾病的表现。当检查发现有肠道病变时，需根据病因治疗。如果未发现问题，应考虑功能性疾病，可至便秘专病门诊就诊，征询专科医生的意见，医生会根据您的情况有选择地进行下列特殊检查。
结肠传输时间测定
是在早餐时随试验餐吞服20个不透X线的标志物，相隔一定时间后(如在服标志物后24小时、48小时、72小时)拍摄腹部X片。医生会根据腹部X片上标志物的分布判断便秘的类型，它是便秘分型的一种主要检查方法。
肛门直肠测压
可以检测肛门肌肉的压力及直肠的感知功能和直肠壁的顺应性等，可判断肛门压力和感觉功能是否异常，它也是便秘分型的一种检测方法。
结肠压力监测
是在生理情况下连续24、48小时监测结肠压力变化。可测定结肠是否运动无力，对便秘的治疗有指导意义。
气球排出试验
是肛门有无排出障碍的筛选试验。对检查发现是阳性的患者，需要作进一步检查。
其他还有排粪造影、盆底肌电图、阴部神经潜伏期测定、肛门超声内镜等检查，可以了解便秘产生的原因。
经过上述便秘的检查后，专科医生会根据检查结果判断便秘的病因、程度及便秘类型，同时作出诊断，对便秘累及范围、受累组织、有无局部的结构异常与便秘的因果关系作出综合判断，然后制定有效的治疗方案和预测疗效。