一、克隆病
本病的临床表现和X线征象与肠结核极为酷似，有时甚难鉴别，可借助下列几点协助诊断。
①本病无肺结核或肠外结核病史。
②病程一般更长，不经抗结核治疗可出现间断缓解。
③粪便及其它体液及分泌物检查无结核菌。
④X线检查可见病变以回肠末端为主，有多段肠曲受累，并呈节段性分布。
⑤肠梗阻、粪瘘等并发症较肠结核更为多见。
⑥切除病变肠段作病理检查无干酪样坏死，镜检与动物接种均无结核杆菌。
二、右侧结肠癌
①本病发病年龄多为40岁以上中老年人。
②无长期低热、盗汗等结核毒血症及结核病史。
③病情进行性加重，消瘦、苍白、无力等全身症状明显。
④腹部肿块开始出现时移动性稍大且无压痛，但较肠结核肿块表面坚硬，结节感明显。
⑤X线检查主要有钡剂充盈缺损，病变局限，不累及回肠。
⑥肠梗阻较早、较多出现。
⑦纤维结肠镜检可窥见肿瘤，活检常可确诊。在临床上结肠癌的发病率较肠结核为高。
三、阿米巴或血吸虫病性肉芽肿
肠阿米巴或血吸虫病可形成肉芽肿病变，在鉴别诊断上应注意。该类疾病无结核病史，脓血便较常见，粪便中发现有关的病原体，直肠及结肠镜常可证实诊断，相应的特异性治疗有效。
四、其他疾病
除上述疾病外，肠结核尚应与下列疾病鉴别。以腹痛、腹泻为主要表现者应与腹型淋巴瘤、肠放线菌病相鉴别。以急性右下腹剧痛为主要表现者应注意避免误诊为急性阑尾炎。以慢性腹痛牵扯上腹部者易与消化性溃疡、慢性胆囊炎混淆。有稽留高热者需排除伤寒。