典型病例的诊断一般无困难。但疾病早期，常因症状不明显或缺乏特征性而易漏诊。下列几点可做为诊断本病的依据。
1、有病史
青壮年患者，原有肠外结核，特别是开放性肺结核，或与开放性肺结核患者有密切接触史者;
2、有腹泻、腹痛、便秘等
有腹泻、腹痛、便秘等消化道症状，并伴有发热、盗汗等全身症状;
3、腹部有肿块
腹部检查发现右下腹压痛，或伴包块，或出现原因不明的肠梗阻;
4、血液检查
可有中度贫血，白细胞计数正常，淋巴细胞增高，血沉多明显增高;
5、粪便检查
粪便多为糊样，一般不含黏液或脓血，常规镜检可见少量脓细胞和红细胞。粪便浓缩找结核杆菌，阳性者有助于肠结核的诊断，但仅在痰液检查阴性者才有意义;
6、X线检查
钡剂在病变肠段呈激惹征象，排空很快，充盈不佳，而在病变上下肠段的钡剂充盈良好，回肠末段有钡剂潴留积滞。病变肠道如能充盈，可见黏膜皱襞粗乱，肠壁边缘不规则，有时呈锯齿状。也可见肠腔变窄，肠段收缩变形，回肠盲肠正常角度消失;
7、纤维结肠镜检查
一般不作常规检查。如病变累及上段结肠，为了明确溃疡的性质与范围，则对诊断与鉴别诊断有很大帮助;
此外，在本病的早期，因症状多不明显，诊断常有困难，有时X线检查也呈阴性，因此在疑为肠结核的患者，应定期随诊或作诊断性抗结核治疗。