如果囊肿体积不大，是自己或体检时偶然发现的，平时毫无症状，则无需治疗，只要向患者进行详细地解说和教育，解除思想顾虑即可。如果附睾囊肿造成并发症或成为病人焦虑的根源时，就应予以手术切除。
过去采取的单纯抽液并注入硬化剂使囊肿缩小的措施并不可靠，常可复发或造成感染，给将来的手术带来困难，故现在多主张手术切除。由于手术很小，病人不会有很大痛苦。
一个很小的阴囊切口足以移动、分离和切除囊肿，手术效果往往很好。手术时医生将仔细把囊肿与睾丸和附睾分离开，然后完整地把它切除。手术时医生会尽量仔细小心，以免压迫和破坏睾丸的血液供应或破坏附睾与输精管的连贯性。如果囊肿是开放的或术前抽吸过，液体将呈现稀薄、白色或混浊状，在显微镜下检查进可见不活动的精子。
附睾囊肿手术切除带来的并发症很轻微，也很少见，包括阴囊血肿，不育症(如果切除了附睾)， 如果睾丸的血液供应受到影响，可以出现睾丸萎缩。不再需要生育的中老年患者，可以接受小剂量X射线局部照射，既能促进囊肿萎缩，也无明显副作用。
一般情况下，睾丸囊肿不需治疗，必要时可采取手术切除方法。
1.较小囊肿不需治疗，可定期随访观察。
2.穿刺抽吸后注入无水乙醇或其他硬化剂。
3.手术切除囊肿，适于囊肿较大且症状明显者。睾丸囊肿可在阴囊内形成，它可以长得很大而不产生任何不适，但仍要请医生检查是否患有。任何年龄的都可能发生囊肿，而且此病在40岁以上的男性中最为常见。
附睾囊肿可能导致男性性功能下降，甚至完全丧失性功能。可能导致死精，无精，丧失生育能力，并且将炎性病菌传染给配偶，造成妇科疾病。睾丸疾病久治不愈造成精损肾亏、元气耗损、肢体严寒、腰酸背疼、提早衰老。
精液囊肿可以导致性功能障碍，如果它的体积相当大，男子在性交过程中会出现睾丸和阴囊的疼痛，以而导致继发性阳痿。从理论上说，精液囊肿可以引起焦虑并进而导致心理性阳痿。这就需要由医生进行充分的解释，以解除患者的种种畏惧。当精液囊肿体积庞大时，可以改变外生殖器的外表形象，也可以成为操作焦虑的原因 之一而导致阳痿。如果囊肿体积过大并压迫睾丸的血液供应时，可以导致睾丸的萎缩和不育症;