唇腭裂的治疗是一项系列性治疗，缺一不可。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。为获得满意的手术效果，整复手术的时间选择非常重要。
唇腭裂分为：单侧唇腭裂和双侧唇腭裂
目前国内外公认唇裂最佳手术时间为生后3个月就是指单侧唇腭裂的婴儿。腭裂为生后12个月则为双侧唇腭裂的婴儿治疗的最佳时期。唇裂术后往往伴有不同程度鼻畸形，即裂侧鼻孔扁平、塌陷、鼻尖歪等，应在8岁时做鼻畸形矫正术。另外唇腭裂小孩常有上颌牙齿排列不齐，出现反胎即地包天。应在12岁左右进行牙齿正畸治疗。
唇腭裂疤痕修复手术具体方法是将异位的口轮匝肌复位，恢复肌肉的连续性，达到功能性修复。注意唇裂疤痕修复的正常高度，人中居中，上唇两侧对称。唇裂者常伴有鼻部畸形，应同时矫正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矫正鼻翼塌陷，恢复鼻孔基本对称。
唇腭裂疤痕修复的基本步骤为
1、定点设计
定点设计是唇裂疤痕修复的第一步。先找出唇红缘的点，在健侧唇红缘找出唇峰点D和人中最低点C，然后按CB=CD，定出B点。在患侧唇红缘最厚处定B点。做唇裂疤痕修复时最后将B、B两点对缝，即形成患侧之唇峰点。
2、切开和缝合
切开、缝合是唇裂疤痕修复重要步骤。做唇裂疤痕修复时要求细致、轻巧、减少创伤、切开准确、缝合整齐。切开时先用手指捏紧切口外侧的上唇，以减少出血。
依次按设计线切开AB、BE、AB、BE及EB。切开后，健侧上唇即可下降，在BE处敞开形成三角形裂隙。将在患侧形成之BEB三角形组织瓣插入此裂隙之中。AB线的创缘则与AB相对。依次分层缝合。做唇裂疤痕修复根据情况采用嵌入或Z形对偶三角瓣法，以增加唇红的丰满度。鼻崎形者，一般主张推迟到13岁以后进行根治唇裂疤痕修复术。
唇腭裂的治疗为综合性治疗，需要口腔科、外科、整形外科、儿科以至心理医师的通力合作。家长在配合治疗的同时，作好患儿的喂养、语音训练以及心理矫治，这三方面的配合对治疗患唇腭的孩子来说缺一不可。