(一)病史及临床表现：临床遇30～50岁有血涕、鼻塞、头痛、耳鸣、耳聋、颈部肿块等症状的患者，就首先考虑鼻咽癌的可能性，积极进行全面检查。
(二)鼻咽镜检查：是诊断鼻咽癌极为重要的常用方法，凡疑为鼻咽癌患者都必须用鼻咽镜反复仔细检查，可发现鼻咽侧壁或鼻后孔或鼻咽顶等处粘膜表面呈灰白色，粗糙、糜烂、溃疡，或见结节样肿块、斑块状隆起等可取活检以确定诊断。
(三)脱落细胞学检查：直接涂片，用棉杆擦拭(阳性率88%)，特制鼻咽刮匙刮出物涂片，尼龙刷采集细胞(阳性率92.4%)，负压吸引法(阳性率91%)等，简便易行，可补充活检的不足。
(四)鼻咽活检：经鼻腔或口腔钳取病变部位活组织作病理检查。
(五)X线检查。
1.X线平片：包括鼻咽侧位和颅底片。观察鼻咽后顶壁的软组织阴影，粘膜下浸润扩张和颅底骨质的破坏情况。
2.X钱钡胶浆造影：用钡胶浆滴入鼻腔内。对粘膜下病变造影比鼻镜更清楚，可发现鼻咽镜下不能发现的较小原发癌和粘膜下浸润。
(六)CT检查：CT可显示鼻咽部小的软组织隆起，帮助确定活检方向和部位，有利于早期诊断，可发现由鼻咽癌引起的早期占位征象，如肌肉增厚，咽隐窝闭塞或消失，咽鼓管咽口后唇隆起、变厚、堵塞。也可观察癌肿侵犯咽旁间隙所造成的软组织块影，咽旁各组肌肉间脂肪层及脂肪间隙消失的征象。
(七)荧光素检查法：鼻咽癌吸收荧光素比正常组织为多。口服或静脉注射后，在一定强度的紫外线照射下，能显示出不同的荧光反应，正常粘膜呈紫兰色，癌肿呈深黄色或淡黄色。
(八)免疫学检查：在鼻咽癌病人血清中有抗EB病毒决定性抗原(VCA、EA、MA、CF/S和EBNA)的高滴度抗体，EB病毒壳抗原免疫球蛋白A抗体(EBV-VCA-IGA)对鼻咽癌的诊断具有特异性，淋巴上皮型、鳞状细胞癌阳性率可达81.5%～97.3X。另外它也可用于临床病情的监测。
鉴别诊断
(一)腺样体增殖：常见于幼儿、青少年腺样体质者。鼻咽顶部。咽扁桃体肿大，粘膜正常。当高度增殖或表面溃烂或有肉芽肿样形成，注意癌变。应予活检。
(二)鼻咽部炎症：常见粘膜粗糙，分泌物多，可见表面高低不平，多数滤泡增殖为0.2～0.3厘米大小的结节。呈紫红色。有时橙黄色，常伴鼻腔粘膜炎、喉炎、副鼻窦炎及咽后壁淋巴组织增殖呈小结节状。可用清热、利咽、活血化瘀法治疗。
(三)鼻咽良性肿瘤：少见。病程较长。好发于项前部。呈圆形隆起或分叶状，表面光滑。如纤维瘤、纤维血管瘤、混合瘤、脊索瘤等。
(四)颈部淋巴结炎：急性淋巴结炎若为一般致病菌引起‘多有红、肿、热、痛。局部温度增高，常伴有口腔、咽腔感染病变。白细胞数增多。中性粒细胞偏高，淋巴结轻度或中度肿大，光滑，质软活动，触痛明显，边界清楚，抗炎治疗有效。慢性非特异性淋巴结炎。无论细菌或病毒引起的颈部淋巴结肿大，局部皮肤色泽正常，体温不高。触痛不明显。常呈黄豆或蚕豆大小。光滑，质韧，活动。边清。常随咽腔、口腔、耳部炎症轻重而变化。抗炎治疗多不理想
(五)鼻咽结核;少见，多有鼻咽部不适，异物感。分泌物增多，常伴发其它器官结核，如肺结核等。
(六)恶性淋巴瘤：发病较急，病程较短，多发于青少年，病变可累及整个鼻咽腔，常见双侧或他处淋巴结普遍肿大，质地较转移性淋巴结软，有弹性感，临床上常需作病理检查进行鉴别诊断。
(七)鼻咽坏死性肉芽肿：其特征为鼻咽顶部中央有肉芽状坏死边界清，具有特别臭味临床过程与鼻咽未分化癌相似。