本病初期，仅限于肛门周围皮肤瘙痒，时轻时重，有时刺痛或灼痛，有时如虫行蚁走，有时如蚊咬火烤，有时剧痒难忍，入夜更甚，令人坐卧不安。由于搔痒使皮肤溃烂 、渗出、结痂、长期不愈，致肛周皮肤增厚，皱壁肥厚粗糙呈放射状褶纹，苔藓样变，色素沉着或色素脱失，蔓延至会阴、阴囊、阴唇或骶尾部。患病日久，易继发皲裂 。久之可引起神经衰弱，精神萎缩，食不知味，夜不成眠。
1、排便不尽感：肛管中有丰富的神经纤维，既有无髓鞘神经纤维。又有有髓鞘神经纤维，还有较多的神经节，形成一附属的感觉器官。所以，在肛窦炎与肛乳头炎初期，病人往往有排便不尽感，伴有异物嵌入肛内的感觉和下坠感等。
2、疼痛：疼痛是肛窦炎最常见的症状之一。一般为撕裂痛或烧灼样痛。撕裂痛多伴有肛门损伤或肛管表层下炎症扩散，排便时症状加重。当外括约肌受到刺激时、肛门疼痛可加剧。由于疼痛和排便关系密切，病人惧怕排便，进一步导致便秘，加重病人的痛苦。
3、瘙痒：肛窦炎引起的肛门部瘙痒，虽不像肛门瘙痒症那样典型，但却难于用手抓止痒。瘙痒是由于炎症性渗出物对肛门的刺激引起的，患者肛门常较正常人潮湿。
4、反射性疼痛：肛窦炎常出现反射样疼痛，可通过阴部内神经和第三、四骶神经向尿生殖器部反射，通过髂腹下神经和肛尾神经向骶骨和尾骨反射，或通过坐骨神经向下肢反射。它还可以引起消化道症状，如消化不良、矢气多或便秘等。肛窦炎可以影响整个机体的健康，被称为直肠神经衰弱，这可能是刺激内脏和脊神经的结果。