鼻息肉的诊断并不困难，但需要同下列疾病作鉴别：
⑴出血性坏死性息肉：平时多有鼻出血史，X线检查上颌窦及筛窦多有“占位性病变”，鼻腔内(多为一侧)可见较多暗红色坏死组织，触之易出血。有时在后鼻孔及鼻咽部可见到暗红色或出血性组织。北京大学人民医院耳鼻喉科王旻
⑵鼻腔良恶性肿瘤：如纤维血管瘤、内翻性乳头状瘤、浆细胞瘤、腺样囊性癌、嗅神经母细胞瘤、鳞状细胞癌等，需仔细分辨，行病理检查以明确诊断。
⑶脑膜膨出或脑膜-脑膨出：筛板有先天性缺损时，脑膜或连同脑组织向鼻腔下坠，酷似息肉，需小心谨慎，尤其在婴幼儿鼻塞、鼻腔检查发现“鼻息肉”时，须作前颅窝CT加密扫描，多见有筛板缺损。
⑷脊索瘤：胚胎3~4月时，脊索发展成节段，后逐渐吸收。如偶有残余，则出生后沿脊柱形成小块细胞积聚而发展成脊索瘤，自蝶枕部经鼻咽顶而达鼻腔。