小儿秋季腹泻起病急，常伴发热和上呼吸道感染症状，无明显感染中毒症状。病初1-2天常发生呕吐，随后出现腹泻。在药物治疗上，常利用以下两种方法：
1.肠道微生态疗法
人体中存在很多正常细菌，如双歧杆菌等，数量为人体细胞总数的10倍，主要分布于肠道，是人体生命活动所不可缺少的。
如果正常细菌数量下降或比例失调，就会出现腹泻，腹泻又将进一步加重菌群失调。微生态制剂是以双歧杆菌为主的正常活菌制剂，口服后可促进正常菌群恢复而起到治疗腹泻的作用。经临床验症，爱尔A、吗咪爱、培菲康、乳酶生、丽珠肠乐等对小儿秋季腹泻治疗效果较好。
2.肠粘膜保护法
蒙脱石散剂是一种高效消化道粘膜保护剂，口服2小时便可均匀覆盖在整个肠腔表面，并维持6小时。能吸附致病性大肠杆菌、轮状病毒等，并对其具有固定作用。同时，还能促进肠道细胞的吸收功能，减少其运动失调，使水和电解质流失明显减少。它还能与粘糖蛋白相互作用，提高粘液的质量和数量，使其稠度增加，加强了肠道的粘液屏障功能，从而有效阻止病原微生物的攻击。
需要特别注意的是：
(1)秋季腹泻是自限性的，自己会好，及时吃药也是不能明显缩短病程的，如果早期合理使用药物，可以缩短病程，减轻症状。新博林+思密达+培菲康。
秋季腹泻是一种病毒感染引起的，虽说目前还没有针对该病毒有效的药物，但是，如果早期使用新博林，可以抑制病毒的复制和繁殖，减少病毒的数量，这样就可以减轻症状，缩短病程了。
(2)主张应用消化道粘膜保护剂思密达，思密答不但有止泻作用，更主要的，它是一种消化道粘膜的保护剂，可以保护消化道的粘膜免受多种致病因子的攻击，而且思密达不进入血液循环系统，无毒副作用，非常安全。菌群失调者，选择微生态制剂如培菲康、妈咪爱等。