病因治疗和对症治疗都很重要。在未明确病因之前，要慎重使用止痛药及止泻药，以免掩盖症状造成误诊，延误病情。
1.病因治疗
(1)抗感染治疗根据不同病因，选用相应的抗生素。
(2)其他如乳糖不耐受症不宜用乳制品，成人乳糜泻应禁食麦类制品。慢性胰腺炎可补充多种消化酶。药物相关性腹泻应立即停用有关药物。
2.对症治疗
(1)一般治疗纠正水、电解质、酸碱平衡紊乱和营养失衡。酌情补充液体，补充维生素、氨基酸、脂肪乳剂等营养物质。
(2)黏膜保护剂双八面体蒙脱石、硫糖铝等。
(3)微生态制剂如双歧杆菌可以调节肠道菌群。
(4)止泻剂根据具体情况选用相应止泻剂。
(5)其他654-2、溴丙胺太林、阿托品等具解痉作用，但青光眼、前列腺肥大者、严重炎症性肠病患者慎用。