急性扁桃体炎多具有典型临床表现，不难诊断，但应与咽白喉、文桑氏咽峡炎、白血病及猩红热等鉴别。慢性扁桃体炎目前尚无满意的客观诊断方法，主要根据反复急性发作的病史，再结合检查可见扁桃体及舌腭弓慢性充血，扁桃体小窝口有黄白色栓塞物，压挤舌腭弓有脓性物自小窝口排出，扁桃体肥大或缩小表面有瘢痕及粘连等，即可诊断。细菌培养、小窝内脱落细胞学检查及血清抗链球菌溶血素“ O”、抗透明质酸酶及抗链激酶等的效价测定，皆可做为诊断的参考。慢性扁桃体炎应与扁桃体生理性肥大(多见于儿童及青少年，无自觉症状及反复急性发作史)、扁桃体角化症、扁桃体肿瘤等鉴别。