一般而言，对支原体感染有效的治疗药物对衣原体感染同样有效。而针对对孕妇这样的特殊患者而言，不论是支原体或衣原体感染，均可选用阿奇霉素口服或静滴进行治疗。治疗期间患者尤其需要注意，慎重对待解脲支原体感染者配偶或性伴的治疗，关键是要针对可能合并存在的其它性病病原体感染。
衣原体感染的药物治疗依据
生殖道衣原体感染经及时正规治疗后，多能治愈，无任何后遗症。如病人经正规治疗但症状持续存在，或症状消失后又出现，最可能的原因是其性伴未经治疗，发生再感染，或是存在引起尿道炎或宫颈炎的其他原因或病原体(真菌、病毒、支原体等)感染，应到医院复诊以查明原因。
解脲支原体生长最适宜的pH值为pH6.0～6.5，生殖道的弱酸性环境能保持阴道的自洁功能，正常人为3.7-4.5，因此用Ph4弱酸配方的女性护理液除了适合日常的清洁保养外，治病期间使用弱酸配方的女性护理液对解脲支原体的生长繁殖会有抑制作用。外出如厕时要用女性卫生湿巾拭干外阴，保持外阴干燥，以抑制解脲支原体的生长。
一般而言，对衣原体感染有效的药物对支原体感染也有效。必要时，可采用四环素类药物、大环内酯类药物和喹诺酮类药物及大观霉素、克林霉素、克拉霉素等治疗生殖道支原体感染，疗程为1～2周。其中红霉素对人型支原体无效，克林霉素对解脲支原体无效。对女性盆腔炎，应考虑其多因素性，治疗应包括针对淋球菌、沙眼衣原体、人型支原体及厌氧菌的抗生素，国外推荐头孢西丁+多西环素或克拉霉素+庆大霉素的联合治疗方案。
对孕妇来说，不论是支原体或衣原体感染，均应选用阿奇霉素口服或静滴。红霉素因不良反应较大，现已很少使用。阿奇霉素和红霉素在妊娠期分级中均为B 级，对孕妇较安全。克拉霉素在妊娠期分级中为C级，可以选用，但安全性相对不如前二药。罗红霉素对胎儿的影响尚未明了，不推荐使用。
四环素、多西环素和米诺环素(美满霉素)在妊娠期分级中均为D级，孕妇一般禁用。当然偶尔使用1、2次，关系亦不大。氟喹诺酮类药物在妊娠期分级中属C级，安全性不及阿奇霉素和红霉素，孕妇衣原体感染时不要选用。
对于生殖道解脲支原体感染的治疗，必须权衡利弊，慎重进行，不可过于积极。对解脲支原体感染者配偶或性伴的治疗也同样要慎重，关键是要针对可能合并存在的其它性病病原体感染。有许多解脲支原体感染者，长期使用抗生素治疗，但解脲支原体检查依然阳性，而且还出现了许多新的不适。究其原因，极为复杂，解脲支原体耐药、检测错误或试剂不过关、二重感染(长期应用抗生素者容易出现真菌、其它不敏感细菌感染)、心理因素等均可能存在其中。
温馨提示
衣原体感染的孕妈妈应在初步治疗后12个月内重复检查。复查同初期治疗同样关键，忽视复查而发生再次感染，会使衣原体产生耐药，导致病情更难控制，从而增加后续治疗的困难程度。