在临床中，白塞氏病应与单纯性口腔溃疡、系统性红斑狼疮、瑞特综合症、炎症性肠病等相鉴别。
单纯性复发性口腔溃疡是一种最常见的具有反复发作特征的口腔黏膜溃疡性损害。多发生于青壮年。唇、颊、舌尖、舌边缘等处黏膜好发。
最初，口腔粘膜充血(发红)、水肿(略隆起)，出现小米粒大小的红点，很快破溃成圆形或椭圆形溃疡，中央略凹下，表面有灰黄色的苔，周围有狭窄红晕。
有自发性剧烈烧灼痛，遇刺激疼痛加剧，影响病人说话与进食。一般无明显全身症状。而白塞病是一种全身性疾病，不仅有口腔溃疡而且有眼部病变、会阴溃疡和针刺反应等。
瑞特综合症除口腔溃疡外，还常有发热、蝶形红斑、脱发、光敏现象、常有血液系统及肾脏损害、自身抗体ANA、ds-DNA、Sm可阳性。
克隆病可有口腔溃疡，主要表现为消化道阶段性的溃疡或增生，肠道内可铺路卵石样改变。
溃疡性结肠炎表现为下消化道的溃疡，主要为乙状结肠的病变，可以由下向上发展至回肠，有人称之为“倒灌性回肠炎”。
炎症性肠病的病人多有较严重的腹泻，大便为脓血样。而且X线或纤维结肠镜检查可以辅助诊断，并与白塞病鉴别。