多数的肝囊肿对人体的健康影响不大，只需要定期随访就可以了。是否需要治疗主要是根据下面的情况而定。
如巨大肝囊肿可能压迫邻近的器官或肝内的胆管，引起相应的症状和体征。例如，巨大肝囊肿可能压迫胃而引起嗳气、腹胀、食欲不振，也可能压迫肝内的胆管，引起黄疸。
少数严重多发的肝囊肿，可同时伴有肝纤维化和门静脉高压者，会造成肝功能损害，门静脉高压可能引起上消化道大出血，因此需要积极治疗。
有少数的肝囊肿患者，其囊肿和胆道系统有交通，由于细菌能通过胆道系统进入到囊肿内，引起感染，这样感染容易复发，且可能引起胆管炎，个别病毒例也可能癌变，应该尽早手术切除。如囊肿随访过程中发现囊肿壁增厚，或者化验血有CA19-9糖抗原、癌胚抗原升高者，应该及时手术切除。