对于孤立性肝囊肿除非发生囊肿破裂、囊蒂扭转或囊内出血等并发症，进行紧急手术治疗外，择期手术需要根据囊肿的大小、部位和病人的全身情况和自觉症状而定。体检中偶尔发现的无症状的孤立性肝囊肿可以暂时采用保守治疗，利用超声检查定期观察，需要警惕恶变的的发生。大的肝囊肿有症状出现者最好施行手术治疗，因为穿刺抽液等保守疗法一般容易复发，并且带来细菌污染可能。多囊肝通常应采取非手术治疗，由于其病变累及整个肝脏，除非采用肝移植，否则不能根治本病。然而，多囊肝一旦由于肝肿大压迫胸腹部影响呼吸循环时，需考虑手术减轻压力。可根据具体条件用以下手术方法：
1.肝切除术;
2.囊肿切除术;
3.囊肿开窗术或囊肿大部切除术;
4.囊肿内引流术;
5.囊肿穿刺抽液及硬化术。