小阴茎在临床上并不罕见，它常是一些内分泌、遗传性疾病的外在表现，是男性化不全的最常见体征，多由雄激素产生不足或靶器官不敏感所致，并且常伴发双侧隐睾、肥胖、尿道下裂、阴囊及睾丸发育不良等畸形，但也有一种小阴茎是因包皮过长或包茎导致。
诊断依据
这种疾病的诊断主要依靠其症状体征，患者一般包皮短薄，紧紧包住阴茎头并与其粘连，限制了阴茎的发育，此时阴茎头多有变形，结构坚韧。
其临床表现可见阴茎外观正常，即其长度与直径的比值正常，拉直阴茎，测量耻骨联合至阴茎头顶端的距离为阴茎长度，其长度小于正常阴茎长度2.5个标准差以上即可诊断。
阴茎长度的测量方法
阴茎长度的测量应严格遵循规范，用拇指及食指提阴茎头尽量拉直，使其长度相当于阴茎充分勃起的长度，充分拉直的阴茎长度与阴茎勃起时的长度近似，二者之间的相关系数是0.983。
用尺子测量从耻骨联合至阴茎顶端的距离即为阴茎长度，对隐匿阴茎及蹼状阴茎应尽量推挤脂肪及周围组织。在小婴儿用手指挤压阴茎根部，造成静脉回流受阻，海绵体充血后测量的阴茎长度更为可靠。
由于阴茎长度随年龄增长而变化，因此测得数值后应与相应年龄的参考值比较。