关键在于取得患者的高度信任与配合。医务人员需以认真负责的态度，耐心细致的解释工作，必要时可将有关的辅助检查，向患者提示，使其确信无器质性疾病，并对本病起病原因、疾病性质以及良好的预后等有所了解，以解除其思想顾虑，调动主观能动性，树立对疾病治愈的信心。其次应行各种有效的综合性治疗，包括暗示治疗，以调整皮层与内脏功能。
一、一般治疗
除非患者一般情况很差，无需卧床休息，可参加适量的劳动和工作。生活要有规律，经常参加适当的文娱活动，对平日体育活动较少的患者应强调体育锻炼，以增强体质，加速神经功能的恢复。饮食以少渣、易消化食物为主，避免刺激性饮食和浓烈的调味品。神经性厌食患者须住院治疗，并逐渐培养正常饮食习惯。凡严重营养不良、消化与吸收功能减退、鼻胃管进食又引起腹泻的患者，需要静脉输入营养液。以便秘为主的肠激惹综合征患者多食纤维蔬菜往往有治疗效果。
二、药物治疗
(一)调节神经功能，改善睡眠。根据病情，可选用下述药物与方法。
镇静剂
可给予利眠宁、安定、氯丙嗪、苯巴比妥、眠尔通或谷维素等。
伴有精神抑郁的患者可酌有抗抑郁药，如阿米妥林(amitriptyline)开始25mg每日三次，每日最大剂量为150mg。
(二)解痉止痛
抗胆碱能药物可使平滑肌松弛，有解痉止痛作用;如颠茄制剂、阿托品、普鲁本辛等。此外，可试用盐酸双环胺(Dicyclomine hydrochloride)20毫克，餐前1小时和睡前服。
(三)神经性呕吐
可用维生素B610-20毫克，每日三次或100毫克加入50%葡萄糖40毫升静脉注射。呕吐剧烈酌情给予冬眠灵、异丙嗪、吗丁啉等。病情较重者可采取用鼻饲，即将鼻饲管放入十二指肠，用牛奶等高营养流质持续点滴3至7天，以后可暂停鼻饲管，改用口服，如仍有呕吐，可以再继续鼻饲治疗。
(四)肠神经官能症
1、便秘
可予滑润剂如石腊油、氧化镁、安他乐和植物粘液性物质。
2、腹泻
可用复方苯乙哌啶1-2片，每日2-3片，或0.25%奴夫卡因100-200毫升灌肠，一日一次。易蒙停1粒，每日2-3次。
三、中医中药治疗
中药按辨证。神经性呕吐可用小半夏加茯苓汤加减。神经性嗳气用旋复代赭汤加减。情绪性腹泻可选用止泻药方或附子理中汤合四神丸加减。
其它尚可采用针灸、理疗等。
预后
胃肠道功能紊乱经治疗后好转，仍有复发机会，一般不会严重影响全身情况。严重营养不良呈恶病质的神经性厌食患者预后较差。