便秘之本，是肠道细菌。肠道细菌与便秘的关系，是近几十年来，随着肠道微生态学的发展才认识到的。由于时代的局限性、科学的局限性，古代医圣、神医、名医不可能留下针对细菌的药方。肠道之内，生长着400种、100万亿个、1公斤重的细菌，细菌属于微生物，所以它们在肠道内的生存状态叫肠道微生态。肠道里的细菌有好有坏，好细菌以双歧杆菌为代表，坏细菌以大肠杆菌为代表，两大阵营互相竞争，而常以双歧杆菌占优势，因此，大多数人在大多数情况下肠道是健康的。双歧杆菌好处多多，不必细说，仅就排便而言，好处有三：双歧杆菌密密麻麻地定植在肠道内壁上，生生不息地生长繁殖，肠道内壁表面细胞因此更具活力，肠道蠕动因此而添动力;双歧杆菌的生长繁殖需要充足的水分，若肠道内的水分不足，便吸收肠壁外的水分进来，进入肠内的水分在滋养双歧杆菌的同时也滋润干结的粪便，以利粪便排出;双歧杆菌喜欢酸性环境，没有酸性环境就营造酸性环境，因而在生长繁殖过程中分泌大量有机酸，这些有机酸比水分更加滋润干结的粪便。那么，只要肠道内双歧杆菌数量足够，占据优势，就不可能发生便秘，反之，就有可能。其他原因导致便秘以后，便秘也会影响双歧杆菌的生长繁殖，原因是，粪便久滞，会产生碱性毒素，形成碱性环境，这将抑制双歧杆菌生长繁殖，而利于大肠杆菌生长繁殖，大肠杆菌占了优势，进一步抑制双歧杆菌，这就会出现恶性循环。
治便秘，古代名医名方今犹在。张仲景《伤寒杂病论》载有“蜜煎导方”：蜂蜜煎稠，冷却成膏，捻成尖头细条，徐徐捻进肛门，蜜条受热融化，便可通。华佗有润肠丸传世，如今药店有售。孙思邈《千金要方》载有“神仙一把抓”，通便迅速。李时珍《本草纲目》载有二方：一方为楝实、茴香、穿山甲、牵牛，治他外甥的便秘;一方为皂角、牵牛，治一位皇亲国戚的便秘。此四人，或医圣，或神医，其方灵验，毋庸置疑。还有更多的古代名医名方传世，广为应用，皆灵验。古人讲养生，养生忌便秘，故而有古人养生格言：“欲得长生，肠中常清;欲得不死，肠中无滞。”现在便秘者常用的通便药、下泻药多为古方或由古方改造而来。但是，古往今来的通便药、下泻药，都是治标不治本，如果标本兼治，现在哪会有这么多便秘者。