肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口。主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤;有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适，病人常不介意。
目前多按肛管与括约肌的关系将肛瘘分为4类。
1、括约肌间肛瘘 多为低位肛瘘，最常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm。少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。
2、经括约肌肛瘘 可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。
3、括约肌上肛瘘 为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。
4、括约肌外肛瘘 最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。