很多真菌均可致病，占首位的是皮肤癣菌，然后是酵母菌和霉菌。皮肤癣菌因地区不同菌种也有差异。红色毛菌遍布世界各地，须癣毛菌见于亚洲、欧洲、美洲，紫色毛菌见于欧洲、非洲、中东，断发毛菌见于世界各国，麦格毛菌见于葡萄牙、西班牙，絮状表皮癣菌见于世界各国，但近年较少见
念珠菌甲病以白色念珠菌为主，近年报告近平滑念珠菌发病率增高，其它还有克柔念珠菌、皱落念珠菌，光滑球拟醉母、热带念珠菌、伪热带念珠菌等。非念珠菌类酵母菌有念珠地丝菌、毛孢子菌等，最近发现糠秕马拉色菌也可侵犯甲板。近年来酵母菌引起的甲真菌病呈上升趋势，潮湿温度高的地区更是如此。
致病的霉菌有短帚霉、暗色柱顶孢、透明柱顶孢、曲霉、镰刀菌、头孢霉、链格孢、可可毛双孢、卡氏枝孢、新月弯孢、人甲棘壳孢、皮炎万孢等。柱顶孢为热带和亚热带地区的甲真菌病的常见致病菌，感染后临床症状类似皮肤癣菌所致的手足癣及甲真菌病。
最近发现皮肤癣菌与酵母菌混合感染占10%-20%，皮肤癣菌与霉菌混合感染为4%～17%，酵母菌与霉菌的混合感染为15%。对混合感染的致病意义目前有争论，尚待作更多的研究。
灰指甲病因
1)环境因素：气温高、湿度大是癣病多发的重要条件。因此，夏季、雨季的癣病比冬季、旱季多且重。有些耐旱抗寒的癣菌，在寒冷、干旱季节照样致病，这在我国北方多见。患者的工作、生活环境也不可忽视。通风良好的地方比密闭、闷湿的地方发病率低。人员拥挤的地方发病高，相反的地方发病率低。由此可见，职业、工种等对癣病发病率有很大影响。在高温、高湿车间、特别是必须穿着厚重工作服才能生产而通风又差的环境易患癣病，若无洗澡设备或未能及时沐浴，则癣病发病率将明显提高。
2)个人因素：男女老少都能得癣病。一般来说，青壮年男女更易罹患;爱运动、好活动者也易罹患。癣病不会遗传，现在还不清楚有没有家族易感性。个人卫生习惯与癣病直接有关。勤换衣、常洗澡的人较少患癣病;在公共浴室洗盆塘和在卫生条件差的游泳池游泳的人易传染上癣病。饲养猫、狗等宠物者，易被宠物身上的癣菌感染。出汗多的人易患癣病。某些慢性病如营养不良、甲状腺功能亢进症、糖尿病患者的癣病很多见，症状也偏重。一些重症，如艾滋病、晚期癌症患者，不仅真菌性癣病发病率高，而且癣病分布广泛，表现奇特，十分顽固难愈。遗传可能是真菌性癣病持续不愈的另一个因素。