肠结核常继发于肺结核，故应对原发病诊断，积极治疗，加强公共卫生宣传，教育患者避免吞咽痰液及不随地吐痰，提倡使用公筷，牛奶应充分消毒。
对肺结核患者进行早期发现及积极指导治疗，可大大减少肠结核的发病率。
此外，加强卫生管理，禁止随地吐痰，讲究饮食卫生，提高全民抗痨意识对其预防有一定意义。
随着抗结核药物的普及和发展，在加强支持疗法的基础上，肠结核经充分治疗一般可痊愈。
除了早期用药外，合理选用抗结核药物，保证剂量充足、规律、全程用药，是决定预后的关键因素，加强支持治疗，提供幽静休息环境，清新，易消化吸收、营养丰富、维生素、微量元素，无污染的食物，对肠结核的康复是必不可少的。