一、 呼吸系统感染的种类和病原微生物
呼吸系统包括鼻、咽、喉、气管、支气管、肺、胸膜及胸膜腔等。呼吸系统的任何部位均可发生感染，气管以上部位的感染可统称为上呼吸道感染、支气管及其以下部位的感染可统称为下呼吸道感染，下呼吸道感染习惯上也称为肺部感染。呼吸系统感染按病程可分为急性和慢性;按感染途径可分为流行性、吸入性和血源性;按病变的解剖部位可分为咽喉炎、气管炎、支气管炎、肺炎，肺炎又可进一步分为大叶性、小叶性和间质性;按获得感染的场所又可分为社区获得性肺炎(CAP)和医院获得性肺炎(HAP)。细菌是造成呼吸系统感染的重要病原体，也是常见的病原体，其次是病毒、支原体、衣原体和真菌等。
2003年11月至2004年12月，刘又宁教授等对665例成人社区获得性肺炎(CAP)的病原学作调查。共7个城市，12个中心。病原体检测阳性率53.1%(324例)，其中最常见的细菌为肺炎链球菌(肺双)占10.7%(69株)，流感嗜血杆菌9.2%(59株)。非典型病原体检出率31.3%，其中肺炎支原体为20.7%(126例)，肺炎衣原体6.6%(40例)，嗜肺军团菌5.1%(31例)。有否抗生素应用对流感嗜血杆菌分离率有显著影响，曾用抗生素为17.2%，无用抗生素仅2.9%。但对肺双检出则无影响。69株肺双对阿奇霉素耐药达75.4%(52株)。耐青霉素肺双(PRP)为20.3%。对新喹诺酮类(加替沙星，莫西沙星)的耐药率在4.3%～5.8%。2种以上的病原体混合感染占一定比例11.6%。
2003年由中国呼吸学会感染学组进行为期14个月的成人CAP病原谱和预后流调，共有22个城市36所医院参加。致病菌分离阳性率为52.1%(327例)，最常见的细菌为肺双27.5%(90株)，流感嗜血杆菌22.9%(75株)，副流感嗜血杆菌14.1%(46株)，肺炎克雷伯杆菌(肺克)10.4%(34例)。
非典型病原体
肺支38.9%，肺衣11.3%，军团菌4.0%。PRP30.7%。耐红霉素占64.8%。氟喹诺酮类和头孢菌素类药物敏感率≥80%。CAP病死率1.1%(6例)。
2004年呼研所病原谱与药敏结果
分离细菌1426株，G-杆菌913株(64.1%)，G+球菌360株(25.2%),念珠菌属153株(10.7%)，白念111株;曲霉菌属39株。前5位G-杆菌依次为酮绿假单胞菌，非发酵类(包括嗜麦芽窄食单胞菌)、不动杆菌属(包括鲍曼不动杆菌)，副流感嗜血杆菌，克雷伯菌属及流感嗜血杆菌。
G-杆菌产超广谱酶(ESBLs
肺克50%，大肠杆菌71.4%，肠杆菌属45.5%。 前5位球菌分别为卡他球菌(G-、双球菌)，全黄色葡萄球菌，凝固酶阴性葡萄球菌，链球菌，草绿色链球菌。但肺双仅分离3株(0.8%)。
不同的病原菌对抗菌药物的体外敏感率有差异
酮绿
阿米卡星82.5%，哌拉西林/他唑巴坦78%;亚胺配能76.7%，分离自ICU菌株耐药率则达78.16%。头孢哌酮/舒巴坦74.2%，头孢他定73.3%。
嗜麦芽
头孢哌酮/舒巴坦73.3%，替卡西林/捧酸65.8%，环丙沙星55.3%。鲍曼不动杆菌、克雷伯菌属、大肠杆菌，首选亚胺配能96.7-100%，其次为哌拉西林/他唑巴坦、头孢哌酮/舒巴坦、头孢他定、头孢吡肟。
G+球菌对万古霉素、替考拉宁等敏感。