引起不孕不育的病因有许多，除了生殖、内分泌异常及生殖器官异常可导致不孕外，一些全身性疾病也可致不孕。最常见的是内分泌及代谢方面的疾病，如甲状腺机能亢进、甲状腺机能减退、肾上腺皮质功能异常、糖尿病及肥胖症等。
肥胖症
肥胖是指由于能量摄入和消耗之间平衡失调，多余的能量以脂肪的形式在体内聚积造成体重增加，体重超过理想体重的20%或体重指数(BMI)>26者。随着现代化生产水平及人们生活水平的提高，尤其在发达国家，肥胖的发病率越来越高，并且与糖尿病、冠状动脉粥样硬化性心脏病、心血管疾病、高血压、高脂血症等病的发病密切相关。肥胖症还可导致卵巢功能异常、子宫发育不良、不孕症、性机能异常及外阴、阴道炎等妇科疾患。已经证实肥胖症患者不孕的发生率明显高于体重正常者。
甲状腺功能障碍
甲状腺功能障碍可引起雌激素代谢障碍、FSH及LH分泌异常，常表现为明显的卵巢机能不全而很少妊娠。目前对于甲状腺机能异常导致不孕的病理机制尚无足够的认识，可能与下列因素有关：
1、卵巢功能异常
临床研究表明，甲状腺机能低下的患者促性腺激素的分泌呈脉冲式，但基线水平较正常者高，从而影响了排卵。部分患者虽然体内雌激素水平正常，有正常的或近似正常的月经周期，仍存在不孕，可能因垂体促性腺激素效能降低或存在抗卵巢作用，亦会造成不排卵。
2、自身免疫
甲状腺机能障碍伴不孕患者中甲状腺抗体阳性者所占比例较高，说明该类不孕可能与自身免疫功能异常有关。
3、代谢异常
在甲状腺机能减退的患者常因代谢功能低下而导致肥胖，从而增加了不孕的发病率。
4、影响子宫发育
动物实验研究了甲状腺机能低下的大鼠子宫结构，发现子宫内膜减少，肌层变薄、宫角体积减少。
糖尿病
糖尿病可致糖、脂肪、蛋白质等体内多种物质代谢功能紊乱，女性患者常同时伴有不孕及月经紊乱，或妊娠后发生死胎、早产或巨大胎儿。糖尿病造成女性不孕的病因现在还不清楚。