西医治疗前列腺囊肿的常规方法有药物治疗、引流穿刺、理疗。首先给予退烧药、止痛药物，包括口服或肌肉注射，必要时补充液体，以缓解其症状。 根据细菌培养结果选择敏感的抗菌素，消灭或抑制病原菌。来不及或不具备进行细菌培养情况下可首选广谱抗菌素。所谓广谱抗菌素即对大多数细菌都有一定疗效的药物，如头孢类、喹诺酮类药物。具体地讲如先锋霉素、凯福隆、西力欣、可乐必妥、环丙沙星之类，以上都是作用较好的药物。患者能进食者尽量选用口服药，必要时还应选用静脉或肌肉注射途径给药。 对于尿痛明显的患者可用解痉剂如颠茄、普鲁本辛、泌尿灵之类药物，也可用些镇静剂如安定，口服或注射，用以缓解症状。
囊肿近尿道膀胱或突入膀胱用经膀胱手术切除或经尿道电切，去除大部分囊肿顶部使其充分引流.YEUNG等于2001年首先报道腹腔镜手术治疗前列腺囊肿，效果良好。腹腔镜切除前列腺囊肿具有组织显露清楚、手术时间短、不易损伤盆腔组织、创伤小、不造瘘、出血少等优点，是治疗向尿道后方及膀胱颈突起的前列腺囊肿的首选方法;对于近尿道或突入膀胱的囊肿，经尿道电切除囊肿则是手术最佳途径，但是对于年轻患者，保留精阜对正常射精至关重要。
当患者持续高烧不退，尿路症状无明显改善，尿道溢脓，大便不畅时，应考虑前列腺囊肿的可能，借助B超等检查确诊后行脓肿切开引流或穿刺引流治疗。只有当脓肿彻底消灭之后，以上症状才会缓解。