肛瘘切开术手术原则是将瘘管全部切开，并将切口两侧边缘的瘢痕组织充分切除，使引流通畅，切口逐渐愈合。本法仅适用于低位直型或弯型肛瘘。操作方法如下。
1、正确探查内口 寻找内口的操作与挂线疗法相同，探得内口后，将探针拉出肛门外，如瘘管弯曲或有分支，探针不能探入内口，则由外口注入1%美蓝色素溶液少许，以确定内口部位，再由外口以有槽探针探查，将管道逐步切开，探查，直至探到内口为止。如仔细探查仍不能找到内口，可将疑有病变的肛窦作为内口处理。
2、切开瘘管并充分切除边缘组织 切开瘘管的全部表浅组织，由外口到内口及相应的肛管括约肌纤维。瘘管切开后应检查有无支管，如发现也应切开。瘘管全部切开后即将腐烂肉芽组织搔刮干净，一般不需要将整个瘘管切除，以免创面过大。最后修剪伤口边缘，使伤口呈底小口大的“V”字形，便于伤口深部先行愈合。
3、肛管括约肌切断 术中应仔细摸清探针位置与肛管直肠环的关系，如探针在肛管直肠环下方进入，虽全部切开瘘管及大部外括约肌及相应内括约肌，由于保存了耻骨直肠肌，不致引起肛门失禁，如探针在肛管直肠环上方进入直肠(如括约肌上肛瘘，括约肌外肛瘘)，则不可做瘘管切开术，应做挂线疗法或挂线分期手术。第一期将环下方的瘘管切开或切除，环上方瘘管挂上粗丝浅，并扎紧。第二期手术俟大部分外部伤口愈合后，肛管直肠环已有粘连固定，再沿挂线处切开肛管直肠环。
瘘管切开后，其后壁肉芽组织可用刮匙刮去，一般不必切除，以减少出血和避免损伤后壁的括约肌。切除瘘管组织应送病理检查。
4、伤口处理 术后伤口的处理往往关系到手术的成败，关键在于保持伤口由基底部逐渐向表面愈合。每日更换敷料一次，最好在排便后进行，伤口内填充敷料逐渐减少，直到肛管内创口愈合为止。每隔数日做直肠指检可以扩张肛管，更可防止桥形粘连，避免假愈合。