肛瘘一般有急性肛门直肠周围脓肿的病史。脓肿自破或经手术切开排脓，从肛门皮肤外口或肛门内流脓，这些都是诊断肛瘘的主要标志。
1、望诊
可见外口常在肛门周围皮肤上或臀部形成一突起或凹陷。周围皮肤因脓液刺激，常有脱皮发红，有时有肉芽组织由外口内突出。周围皮肤红紫色，多为结核性瘘管。
2、触诊
低位肛瘘之瘘管，在皮下可以摸到绳状硬条，由外口行向肛门，用指按压，有脓液由外口流出。
3、直肠指检
常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。
4、确定瘘管的深度与括约肌的关系
由于肛瘘的管道通过外括约肌和肛提肌，有时管道在内括约肌之间走行，手术中切开管道，必然要切开有关的括约肌。特别是通过肛门直肠环的瘘管，切开肛门直肠环，术后会引起肛门失禁。因此在检查中必须弄清瘘管走行与肛门括约肌的关系。
5、确定瘘道主体与支体的变化
在肛瘘检查中，不能单纯从内口的数目，或瘘管是直的还是弯曲的，或者从病变的一个平面上了解病变的全貌;有时从肛门外部看，仅一个外口，症状也不明显，但可能是瘘管很深，内口寻求比较困难的复杂性肛瘘;有时瘘外口较多，肛门皮肤病变较大，但其主管很低，属于容易处理的简单肛瘘。因此对肛痿的诊断要具体细致。
6、全身检查
肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。