肛瘘非手术不能根治。其传统手术常见的有瘘管切开术、肛瘘切除术和挂线疗法，这些方法虽然可以有效治疗肛瘘，但是手术过程非常疼痛，尤其是术后恢复时间超长，一般需要一个月左右的时间住院观察调养，因此病友间往往用“人间炼狱”来形容肛瘘手术。
传统手术治肛瘘创口大、恢复慢、术后伤口不平整
其实现在的医疗水平，已经可以做到微创治疗肛瘘了。最新一代进口全电脑多功能肛肠治疗系统操作，具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能，治疗肛瘘具有痛苦小、出血少、快速、彻底，不需住院，不影响工作和学习的优点。
微创术的原理是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，仔细查找清楚肛瘘的内口，由于治疗中出血极少，因此肛瘘的内口显露非常清楚，以致于患者通过电脑的显示器直接观看到治疗过程。
医生通过微创电极头，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口迅速干结闭合，然后通过纤维镜直接清洗干净瘘管及脓肿里面的脓液，这样日后大便时，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染、疼痛，不出现新的脓肿，那样才会达到痊愈目的。