肛瘘的手术方法较多，大致归纳为以下几种：
①肛瘘切开和切除术：手术的目的是将肛瘘的内口、瘘管、外口、支管和瘢痕组织切开或切除。
②切断肛管直肠环和括约肌：此手术可造成肛门失禁，因此，要注意以下两点：
第一，必须与括约肌纤维的方向成直角切断;
第二，一次不可切断两处，如需要切断时，应分期手术，或一处切断一处挂线。
③伤口一期植皮：切除瘘管、内口，止血修整伤口后，以温盐水冲洗伤口，取薄皮片覆盖于伤口之上，并间断缝合，加压包扎，并控制大便排泄。
④挂线疗法：即将胶圈由外口穿过瘘管，从内口穿出，紧紧结扎，使瘘管壁发生坏死，成为开放性伤口，达到治愈的目的。
⑤药捻疗法：用清热解毒、祛腐生肌的中药做成药捻，从瘘外口插入，使瘘管痊愈。
⑥姑息切除术：该手术不切断外括约肌，适用于低位肌瘘和后方浅部蹄形肛瘘。