色素斑的病因分内外两个层次，内部因素有内分泌失衡、药物、精神压力等;外界因素比如劣质化化妆品、紫外线照射等都会引起色素斑。日晒过度、内分泌失调、慢性肝肠胃疾病、化妆品使用不当等，都可能是引起色素斑的诱因。色素斑的病因可从以下三个方面划分：
一、可分为外界因素和身体内部因素。
1.外界因素
表皮受刺激(如不恰当的美白疗法、劣质化妆品等)、紫外线照射、按摩、暗疮留印等。
2.身体内部因素
荷尔蒙分泌不平衡、服食药物(如避孕药等)、怀孕、精神压力等。
二、可分为生理因素、病理因素和环境因素。
1.生理因素
妊娠斑(蝴蝶斑)：是因怀孕期间激素分泌改变而造成。处女性黄褐斑：未婚女子有的因为月经不调，一月两次或过月不来，经日不走，伤其子宫经络，气血滞怠，而形于表面。而有的上唇会出现如八字须样的斑点，可能与卵巢功能较弱有关。黑斑：精神压力、长期疲劳或受到过度刺激，引起神经系统功能混乱，使脑垂体无法正常运作，促使肾上腺激素增加，刺激黑色素细胞制造大量黑色素，而发生色素沉积形成黑斑。
2.病理因素
各种疾病如肝、肾功能不全、甲亢、糖尿病、癌肿、结核、营养缺乏、酒精中毒等均可引起全身各系统功能紊乱，皮肤新陈代谢减退形成肝斑。
3.环境因素
皮肤在强光下曝晒而形成。强风吹，暴雨淋很容易形成晒斑。一般洗海水浴也是形成晒斑的主要原因，海水含盐量极高，浴后阳光照射，会对皮肤造成强烈刺激，先为红、肿痛而后肤色转暗。大量的黑色素形成以抵御紫外线，黑色素代谢到角质层后无法及时排出，而产生晒斑。
三、可分为不良生活习惯、内分泌失调、紫外线照射和遗传等。
1.不良生活习惯
另一个让色素斑形成的原因就是不良生活习惯，如压力、挑食、睡眠不足等。所以睡眠时间不稳定的人，皮肤的新陈代谢也不佳，直接影响黑色素的产生。
2.内分泌失调
黑色素的产生会受到月经期和妊娠期的体内性激素水平的变化影响。另外，内分泌不稳定时通常引起情绪不稳定，也会间接引起色素斑形成(中医中将黄褐斑的形成主要归结于肝瘀，比较复杂)。
3.强烈紫外线照射
知道为什么女性需要防晒么?这是因为阳光中的紫外线照射是色素斑形成的重要原因。当皮肤接受过多日光照射时，表皮就会产生更多的黑素颗粒，这种组织可以吸收紫外线，保护人体免受伤害。大家晒太阳后皮肤会变黑就是这个道理。而且，紫外线的照射会引起黄褐斑，普通雀斑颜色加深。
4.常染色体遗传
症状多从5岁左右儿童开始，女性居多，春夏重，秋冬轻。淡褐色至黄褐色针尖到米粒大小的斑点，等造成色素斑的形成。