巧克力囊肿症状
常见症状有腹膜炎、女性不孕、性交疼痛、痛经。
(1)痛经：主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。异位的子宫内膜受卵巢激素的作用，与正常子宫内膜有同样的周期性变化，月经后半期，异位的内膜高度增厚充血，子宫内膜异位瘤内压力逐渐增加，行经时经血聚积囊内，使囊壁承受的压力骤然增加而引起疼痛。因此，子宫内膜异位症痛经的特点多从月经前甚至周期后半期开始，持续整个月经期至月经后数日消失。疼痛部位多在下腹正中，或偏于一侧，病变浸及子宫直肠。月经过多，月经血量多，也是临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。
(2)性交痛：宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症均可发生性交痛，而且常于月经前较为明显。
(3)不孕：30-70% 子宫内膜异位症患者伴有不孕症，在原因不明的不孕症患者中约70-80%的患者伴有子宫内膜异位症，患者常因盆腔器官粘连，使输卵管蠕动受阻或输卵管堵塞等机械因素导致不孕，亦可能为卵巢功能不全，自身免疫反映增强，前列腺素增加，泌乳素增高等因素有关。
(4)卵巢子宫内膜囊肿：壁较脆缺乏弹性，经血逐渐聚积，囊内压力不断增高，内容物可自囊壁的薄弱部位溃破，溢入腹腔刺激腹膜，引起腹膜炎，出现急腹症。
巧克力囊肿并发症
不孕
约有50%左右内异症患者伴有不孕，在不明原因不孕患者中，约30-40%患内异症。内异症患有不孕，常因病变造成盆腔肿块、粘连、输卵管堵塞卵泡发育不好或排卵障碍等因素引起;而一旦怀孕则异位内膜受到抑制而萎缩，对内异症起到很好的治疗，习惯性流产病例中有部分为子宫内膜异位症所致。
痛经
内异症的临床特征为渐进性痛经，是常见而突出的特征，多为继发性，即自发生内膜异位开始，患者诉说以往月经来潮时并无疼痛，而从某一个时期开始出现痛经，可发生在月经前、月经时及月经后。有的痛经较重难忍，需要卧床休息或用药止痛，甚至痛得“滚炕”或撞头，疼痛常随着月经周期而加重，月经结束而消失，但国内报道有21%约无痛经。
周期性直肠刺激症状：进行性加剧的周期性直肠刺激症状罕见于其他妇科疾病，是诊断本症最有价值的症侯。直肠、肛门、外阴部坠胀、坠痛、里急后重感和大便次数增多。当病变逐渐加重时，症状日趋明显，而经后症状消失。
月经不调
内异症患者常有月经周期缩短、经量增多或经期延长等现象，说明患者有卵巢功能障碍表现。月经不调可作诊断参考，但在鉴别诊断中并无价值。