慢性肝炎多是从急性病毒性肝炎转变而来，机体自身免疫功能紊乱，长期应用损害肝脏药物及机体对药物过敏，酗酒以及某种酶的缺乏，代谢紊乱等均可导致本病的发生。
慢性肝炎病因：
1、饮酒、酒精对肝脏有明显的毒性作用，而且对肝脏损害的程度与其酒精含量高低成正比。原先没有肝病的人，长期饮酒也会招致肝病，甚者发生“酒精性肝硬化”。
2、药物或化学毒物：许多药物和化学毒物都可引起肝脏损伤，发生药物性肝炎或中毒性肝炎。如双醋酚汀、甲基多巴、四环素以及砷汞、四氯化碳等。
3、病毒感染：由多种肝炎病毒引起。具有传染性强，传播途径复杂，流行面广泛，发病率高等特点。
4、丙型肝炎是引起慢性肝炎的常见原因。大约75%的急性丙型肝炎转化为慢性肝炎。乙肝病毒，丁肝病毒，可引起少数慢性肝炎，甲型和戊肝病毒不引起慢性肝炎。药物如甲基多巴、异烟肼、呋喃妥因和醋氨酚引起慢性肝炎，特别是长期服用更是如此。肝豆状核变性，一种罕见的遗传性铜代谢异常疾病，可在儿童和年轻人中引起慢性肝炎。
5、其他传染病：很多全身性传染病都可侵犯肝脏，如EB病毒、细菌性传染病中的伤寒等，都可以引起血清转氨酶的升高或其他肝功能异常。
发病机制：
乙型肝炎的发病机制较为复杂，迄今尚未完全阐明，经研究表明，乙型肝炎病人肝脏受损，并不是HBV在肝细胞内繁殖的直接结果，机体的免疫反应，才是引起肝细胞损伤的重要原因。主要有以下假设。
1、细胞介导免疫
认为T细胞对肝细胞的细胞毒作用在清除HBV感染的肝细胞及造成肝细胞损伤中是重要因素。非T细胞对肝细胞的细胞毒作用是抗LSP(抗肝细胞膜特异性脂蛋白)介导的ADCC(抗体依赖细胞的细胞毒)反应。这是乙型肝炎和自身免疫性肝炎病人肝细胞损伤的共同途径。它既能引起HBV感染肝细胞的损伤，又能引起未感染肝细胞损伤。
2、免疫调节
1)对细胞免疫反应的调节作用：细胞免疫反应受机体免疫调节系统控制主要有Ts(抑制性T细胞)、HLA(人类白细胞抗原)、干扰素、IL-2(白细胞介素-2)等参与。慢性乙型肝炎病人由于免疫调节功能紊乱，可导致肝细胞持续损伤。
2)对体液免疫反应的调节作用：对HBV包膜抗原的体液免疫反应在清除病毒的过中起重要作用，慢性乙型肝炎患者，由于免疫调节功能紊乱，血清中不能检出抗前S和抗HBs，不能彻底清除病毒，导致疾病迁延不愈。
3) HBV存在方式的影响：肝细胞内包含整合HBVDNA时，不能复制完整的病毒，就不易被T细胞识别而持续存在，HBV的持续存在，能诱导机体产生一系列的免疫反应。