老病出现新症状，老病原出现新变异
病原因子在环境压力与机体免疫压力下，不断发生变异，出现新的变异株与血清型，如口蹄疫、
禽流感、链球菌等，病原因子毒力变异导致新的流行，甚至造成灾难性的后果。如禽流感对哺乳动物的毒力增强，导致人的感染;新型链球菌致人感染发病甚至死亡。
新出现和重新流行的传染病危害性增大
狂犬病、布鲁氏菌病、结核病、链球菌病、炭疽、乙型脑炎、口蹄疫、流感等，近几年来发病率不断回升，不仅威胁着养殖业的发展，而且对人类的健康也造成重大影响。
近年来全球一个共同的问题是人类越来越面临着动物病原的威胁，如SARS和爱滋病等的研究结果发现，病原溯源都与动物有关。
高致病性禽流感原本只感染家禽发病，对水禽和哺乳动物不致病，而现在不仅能使水禽高度感染并能严重发病死亡，而且感染哺乳动物和人，并引起死亡。这警示随着环境、气候和生态的变化，某些动物病原已经突破种间屏障，直接感染人，给人类造成巨大威胁。
细菌性疾病危害加剧
随着集约化养殖的规模不断扩大，污染日益严重，细菌性疾病明显增多，如巴氏杆菌、猪链球菌、大肠杆菌等细菌感染的危害已变得十分严重。
滥用抗生素等导致耐药菌株普遍存在，并使一些体内正常菌群成为致病菌群。同时由于临床大量使用抗生素，造成产品药物残留含量增加、产品质量下降、出口受阻，消费者心里恐慌。
疫病发病周期缩短
猪口蹄疫的流行周期过去是5～10年流行1次，发展到3～5年流行1次，又从每年流行1次，现在是每年流行多次，夏季也常发生，发病周期大大缩短，间隔时间愈来愈短。
疾病流行的空间特征变化迅速
集约化养殖加大了疾病传播速度与流行强度。全球经济一体化、世界贸易和旅游业的发展，不少原来呈地方性流行的疾病变成世界性流行。
多病原混合感染增多，使病情更加复杂化
当前发生传染病往往不是单一的病原体所致，而是两种或两种以上的病原体共同协同作用而造成的。多病原混合感染或继发感染已成为发病的主要形式。
由于多病原的感染，使病畜禽所表现的临床症状没有诊断特异性，而是表现为一系列的综合症候群，使病情复杂化，增加临床诊断的难度，也给疫病控制带来困难，导致畜群发病率和死亡率增高，造成更大损失。
病症非典型化，随性感染增多
在疫病流行过程中，病原体受到外界环境及高度免疫力的影响，使一些病原体的毒力经常发生改变，有的毒力变强、有的毒力变弱，出现了新的变异株和血清型。
加之畜群中的免疫水平不高或免疫抗体不一致，致使某些疫病在猪群中发生流行、并非典型化。比如猪链球菌病出现了血清2型，不仅能引起猪高发病，死亡率增大，而且引起人发病，成为一种新的人畜共患病病原体。