感染性腹泻的原因有很多，也有感染性和非感染性的腹泻，如果是感染性慢性感染，有细菌感染，有比较特殊的像结核杆菌的感染，也可能造成慢性腹泻，当然其他的慢性感染也可以。
还有一些是非感染一类的，对于慢性腹泻来讲，跟急性腹泻比较起来非感染的更多见，非感染一大类叫慢性炎症性肠病，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，另外还有经常服某种药物引起的慢性腹泻，另外还有老年人的缺血性腹泻，一般是急性的，也有慢性缺血性质的，少见一些。
还有肿瘤，有些肿瘤也可以引起。再有一个是吸收不良，还有一类是肠易激综合症，有些达不到这个标准，但是也属于功能性的。还有全身疾病也可以引起慢性腹泻，尿毒症等等，慢性腹泻很复杂，病因很多，一旦有慢性腹泻的症状最好不要掉以轻心，到医院来看看，首先查明原因是什么。
感染性腹泻不明原因只是暂时查不出原因，但是一定是有原因的，这需要通过系统的诊断。常规检查查不出来的，有些特殊检查能查出来。在诊断的时候，我们一步一步地从最常规的检查查起，不会一下子全面地所有检查一块儿上，根据病人的临床表现，他最可能的是什么，先做那个检查，除外以后再考虑其他的。明确是什么原因引起的疾病，才能根据病因做针对性的治疗。