细菌性肝脓肿是由化脓性细菌引起的肝内化脓性感染，亦称化脓性肝脓肿。肝脏由于接受肝动脉和门静脉的双重血液供应，并通过胆道丰富的血供和单核-巨噬细胞系统强大的吞噬作用，可以杀灭入侵的细菌并阻止其生长，因而细菌性肝脓肿并不经常发生。当人体抵抗力弱时，入侵的化脓性细菌会引起肝脏感染而形成脓肿。
引起细菌性肝脓肿最常见的致病菌在成人为大肠埃希杆菌、变形杆菌、铜绿假单胞菌，在儿童为金黄色葡萄球菌和链球菌，而Friedlander肺炎杆菌等则次之。病原菌进入肝脏，可经由下列途径：
1.胆道系统：此为我国患者目前最重要的感染途径。在有胆道阻塞和继发感染的病例，如胆总管结石、胆道蛔虫或华支睾吸虫病等并发急性化脓性胆总管炎者，细菌可沿胆道上行，感染肝脏而形成肝脓肿。
2.门静脉系统：腹腔感染(如坏疽性阑尾炎、化脓性盆腔炎等)、肠道感染(如溃疡性肠炎、菌痢等)、痔核感染等可引起门静脉属支的血栓性静脉炎，其脓毒性的栓子脱落后可沿门静脉系统进入肝脏，引起肝脓肿。由于抗生素的广泛应用，此途径的感染已少见。
3.淋巴系统：肝脏的邻接部位如有化脓性病灶如胆囊炎、膈下脓肿及胃、十二指肠穿孔等，细菌可经淋巴系统侵入肝脏。
4.血液感染：体内任何部位的化脓性感染，如上呼吸道感染、急性骨髓炎、亚急性心内膜炎、疖和痈等并发菌血症时，病原菌可由肝动脉入肝。
5.直接侵入：当肝脏有开放性损伤时，细菌可经由创口直接侵入。有时肝脏的闭合性损伤形成肝脏的被膜下血肿后，肝脏内原有的细菌可使血肿转化为脓肿。
6.其他原因不明的方式：不少肝脓肿并无明显原因，如隐匿性肝脓肿。可能体内存在某种感染性病灶，当机体抵抗力减弱时，偶然的菌血症引起了肝脏的炎症和脓肿。有报道指出，隐匿性肝脓肿中25%伴有糖尿病。
由于近年来抗生素广泛而有效的应用及手术治疗的进步，使原属于其他腹腔感染引起的细菌性肝脓肿的病例已少见。胆系结石和肿瘤成为最主要致病原因，糖尿病患者易并发本病(8.3%)，细菌培养阴性的病例有所增加(52.1%)。目前，胆源性肝脓肿约占半数或更多，合并结石或癌性胆道梗阻者更易发生，胆道蛔虫引起者在一些基层单位仍有报道。
至于所谓的不明原因的肝脓肿，推测最可能是由原发病灶不明显的菌血症所致;轻度的肝损伤或缺血亦有可能为其直接的诱因，糖尿病也是产生细菌性肝脓肿的诱因。有时肝脓肿的细菌培养结果为阴性，不排除由于对厌氧菌的培养技术不适当所致。