功能性消化不良是指具有上腹痛、上腹胀、早饱、嗳气、食欲不振、恶心、呕吐等上腹不适症状，经检查排除引起这些症状的器质性疾病的一组临床综合征，病程一般规定为超过1个月或在12月中累计超过12周。FD是临床上最常见的一种功能性胃肠病。普通人群中有消化不良症状者占19%~41%占胃肠病。
1、生理心理因素，心理和精神的不良应激的人群可导致该疾病。
2、饮食习惯因素，不良饮食习惯，包括刺激性食物(咖啡、浓茶、甜食、油腻、生冷等)和不良饮食习惯(包括空腹、频繁食用刺激性食物，以及不规律进食或暴食暴饮等。
3、外界环境因素，受环境温度的影响容易引起疾病发病。
4、幽门螺杆菌感染，Hp是一种革兰阴性细菌，一般定植于胃的黏液层表面，无症状成人中Hp的感染率在35%以上，90%以上的十二指肠溃疡病人存在Hp，铋剂加抗生素可以根除Hp，使组织学胃炎消退，还可以使溃疡的复发率从每年的80%以上降低至每年10%以下，所以Hp是十二指肠球部溃疡和慢性胃窦炎的重要原因。
5、内脏感觉异常，许多功能性消化不良的病人对生理或轻微有害刺激的感受异常或过于敏感，一些病人对灌注酸和盐水的敏感性提高;一些病人即使在使用了H2受体拮抗药阻断酸分泌的情况下，静脉注射五肽胃泌素仍会发生疼痛，一些研究报道，球囊在近端胃膨胀时，功能性消化不良病人的疼痛往往会加重，他们疼痛发作时球囊膨胀的水平显著低于对照组。
6、上胃肠道动力障碍是FD的主要病理生理学基础，有胃固体排空延缓、近端胃及胃窦运动异常、幽门十二指肠运动协调失常等胃肠动力障碍的表现;近年研究还发现胃肠动力障碍常与胃电活动异常并存;促胃肠动力药治疗可使大部分患者的症状得到不同程度的改善。
7、胃容受性减低胃的感觉容量明显低于正常人，患者存在胃感觉过敏。近年研究提示，这种感觉过敏与感觉传入通道异常有关，即正常的内脏传入信号在脊髓、脑的水平被放大，产生过强反应。这就可以解释，FD的症状在有胃排空延迟者是通过机械感受器产生，而在胃排空正常者，则由于中枢信号放大同样可以产生。
8、精神因素和应激因素一直被认为与FD的发病有密切关系。调查表明，FD患者存在个性异常，焦虑、抑郁积分显着高于正常人和十二指肠溃疡组。
9、幽门螺杆菌感染胃镜检查结果提示，约半数FD患者有幽门螺杆菌感染，但幽门螺杆菌感染与FD症状是否有明确的相关性还尚待研究。