肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克隆病，溃疡性结肠炎更少见。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
肛管直肠周围脓肿有两大类：一类与肛腺及肛瘘有关，称为“原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿”简称“瘘管性脓肿”，较多见;一类与肛腺及肛瘘无关，称为“急性非肛腺性非瘘管性脓肿”，简称“非瘘管性脓肿”较少见。
推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男青年较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛管导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低。人到老年，与其他皮脂腺普通萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。