肛瘘的治疗分为非手术治疗和手术治疗。非手术疗法主要通过药物控制感染，减轻症状，但不能彻底治愈;或一时相对治愈，很容易复发。手术的目的是为了清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是治疗的关键。
非手术疗法包括内治法和外治法
(一)内治法
1.清热利湿：凡出现瘘管外口流粘稠脓，色白或黄，外口闭合，局部肿胀疼痛，小便不利，舌红、苔黄腻，脉滑数等症状，为湿热蕴结。治宜清热利湿。选方常用活血透脓散加减。
2.清热解毒：凡出现肛瘘外口闭合，恶寒发热，局部红肿、灼热疼痛，舌红、苔黄，脉数等症状，为热毒蕴聚。治宜清热解毒。选方常用仙方活命饮加减。
3.养阴托毒：凡出现瘘管外口凹陷，周围颜色晦暗，脓水清稀，舌红少津，少苔或无苔，脉细数无力等症状，属阴虚型肛瘘。治宜养阴托毒。选方常用青蒿鳖甲汤加减。
4.补益气血：凡出现肛瘘经久不愈，肉芽不鲜，脓水不多，形体消瘦，面色无华，气短懒言，舌淡、苔白，脉细弱无力等症状，属气血亏虚型。治宜补益气血。选方常用十大补汤加减。
(二)外治法
1.外洗法：局部红肿疼痛时，可用苦参汤加减，煎水趁热熏洗，
2.外敷法：肛瘘急性期可用金黄膏等外敷。
(三)手术疗法