一、肛门流脓、流粪：是主要症状，脓液多少与瘘管长短、多少有关，新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。
由于引流不畅，脓肿反复发作，也可溃破出现多个外口。较大较高位的肛瘘，常有粪便或气体从外口排出。检查时外口常为一乳头状突起或是肉芽组织的隆起，挤压有少量脓液排出，多为单一外口，在肛门附近
二、外口：外口之间皮下瘘管相通，皮肤发硬并萎缩。也有多个外口位于肛门两侧，瘘管成“马蹄形”，直肠指诊在病变区可触及硬结或条索状物，有触痛，随索状物向上探索，有时可扪及内口。若外口不整齐，不隆起，有潜行边缘，肉芽灰白色或有干酪样稀薄分泌物，应怀疑为结核性肛瘘
三、内口：内口大多位于肛门齿线附近，以外括约肌深层内外区分高位肛瘘与低位肛瘘。
四、疼痛、瘙痒：由于瘘口长期流脓，刺激肛门周围皮肤，可导致瘙痒感。外口阻塞及假性愈合时，楼关内脓液积存肿胀，局部会有疼痛感。
肛瘘患者都有自己切身的体会与痛苦。一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。
肛瘘长期不治给身体带来哪些危害
1、会有脓水污染内裤：剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。
2、多次反复发作：脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。
3、肛瘘的多发性：可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。为了患者的健康，及时到专科医院接受治疗是最关键，最有效的方法。