肛瘘又称“肛门直肠瘘”，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道。
(1)小儿骶骨曲尚未形成，肛门内括约肌紧张度较弱，粪便易直接压迫肛管处齿线，肛窦粘膜擦破，易使细菌侵入致病。这个细菌进入以后，因为环境比较潮湿，容易促使细菌的不断的繁殖，就会逐渐的发展，孩子也不会说，时间长了就形成了肛瘘。
(2)小儿常因尿布皮炎，刺激肛门周围皮肤，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。这种情况也是很多的，有些家长比较粗心，孩子发炎了，也不知道，看见了，也不会计算的处置，就引起了炎症。
(3)新生儿皮脂腺分泌亢进，感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。
(4)新生儿生理性免疫机能不全，易发生肛门感染，形成肛瘘。