关于婴幼儿容易患肛瘘的病因， 目前尚不完全明了。中医认为婴儿胎热瘀血滞结或胎前孕母积热致胞热，生后受风邪缠绵于大肠或肛门湿寒气凝，怒叫气结聚于下而成痈肿，破溃成瘘。
现代医学认为
(1) 小儿骶骨曲尚未形成，两侧坐骨结节距离较近，加之肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便易直接压迫肛管处齿线，肛窦粘膜擦破，易使细菌侵入致病;女孩因直肠前面有子宫，压迫直肠，与成人直肠屈曲相似。故发病低于男孩。
(2) 小儿常因尿布皮炎，刺激肛门周围皮肤，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛门周围皮下脓肿与肛窦相通，而成肛瘘。
(3) 新生儿，尤其是男孩受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，引起肛门皮脂腺炎。感染形成肛周皮下脓肿与肛窦相通，而致肛瘘。
(4) 近年来，有人认为新生儿生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，免疫机能不全，因此易发生肛门感染，形成肛瘘。