医门补要·医法补要·痔疮》中说：“湿热下注大肠，从肛门先发小疙瘩，渐大溃脓，内通大肠，日久难敛;或愈月余又溃，每见由此成痨者。乘初起，服清热内消散，数帖可愈。若先咳嗽而成漏者，不治”。可见本病的发生，为肛门直肠周围痈疽溃后久不收口，湿热余毒未尽，蕴结不散，血行不畅所致;或因脾肺肾三阴亏损，或因肛裂损伤感染而生。正如《诸病源候论·瘘病诸侯》中所说：“但瘘病之生，或因寒暑不调，故血气壅结所作，或由饮食乖节，狼鼠之精，入于府藏，毒流经脉，变化而生，皆能使血脉结聚，寒热相交，久则成脓而溃漏也。”
现代医学认为，肛管直肠周围脓肿，自然破溃，或经手术切开排脓后，脓腔壁由结缔组织和肉芽组织增生，缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，不能治愈，有以下几种原因：
一、内口的存在，脓肿虽然破溃或切开引流，但原发感染源、肛窦炎或肛腺感染仍可继续存在，肠腔内容物也可从内口继续进入瘘管。
二、肛门部不能静养，脓腔不易粘合。排粪排尿运动时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。
三、肠腔中的粪便肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以塌陷闭合。
四、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内导致脓肿再发，并穿破而形成新的支管或窦道。
五、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。
除此而外，结核、克隆氏病、溃疡性结肠炎、肛管或者肠癌和腹股沟淋巴肉芽肿等，也是形成肛瘘的病因。
肛瘘一般由内口、瘘管和外口三部分组成。内口为原发性，是感染源的入口，绝大多数在肛管后侧齿线平面的肛窦内。瘘管或直或弯，有的分枝甚广，在括约肌各部之间和肛门周围皮下蔓延;或由一侧围绕肛管到对侧，形成蹄铁形肛瘘。外口是脓肿溃破或切口所在部位，多在肛门周围皮肤上，常不止一个外口，多数在距离肛门5厘米以内。如脓肿在原发病灶内口处向肠腔内溃破，则无继发外口，只有一个内口，通向肛管的窦道，称为单口内瘘。窦道一般不长，在临床上很容易被忽视。
通过病理组织切片显微镜检查发现，一般肛瘘内壁由非特异性炎性肉芽组织构成，壁外层有大量纤维组织，急性感染时有较多的中性白细胞浸润。由于瘘管直接与直肠肛管相通，粪便可经常进入瘘管内，以致瘘管组织往往有多核异物巨细胞反应和较多的单核细胞出现，有时可见较多嗜酸性细胞浸润。患结核性肛瘘时，在其管壁内可见到多少不一的、由类上皮细胞、淋巴细胞和郎罕氏巨细胞构成的结核性肉芽组织，有时还出现干酪样坏死。
瘘管组织由异物反应所形成的异物性肉芽肿，要与结核性肛管瘘相鉴别。在异物性肉芽肿中，异物性多核巨细胞的内外，往往可见异物存在，单核细胞散在，不单独组成结节状，不出现干酪样坏死。这些表现均与结核性肛瘘不同，是鉴别的重要依据。