关于婴幼儿患肛瘘的病因，目前尚不完全清楚，可能与下列因素有关：
①小儿骶骨曲尚未形成，两侧坐骨结节距离较近，加上肛门内括约肌紧张度较弱，因此粪便容易直接压迫肛管齿线处，肛窦粘膜易损伤、擦破，导致细菌入侵。
②小儿常因尿布皮炎，刺激肛周皮肤，致使毛囊、汗腺、皮脂腺感染，形成肛周皮下脓肿与肛窦相通而形成肛瘘。
③新生儿，尤其是男孩受母体激素失调的影响，使皮脂腺分泌亢进，易引起肛门皮脂腺炎，感染后成肛周脓肿与肛窦相通。
④新生儿免疫功能不全，如新生儿生理性缺乏免疫球蛋白G(IgG)、免疫球蛋白A(IgA)等，因此容易发生肛周感染，形成肛瘘。